Het initiatief tot het formaliseren van het behoud van NLR-erfgoed, en daarmee de oprichting van de stichting, is in 2000 uitgegaan van de directie van het NLR, nadat al eerder initiatieven waren gestart om unieke objecten, documenten en visueel materiaal te verzamelen. Tussen beide organisaties is bij de oprichting een Museumovereenkomst afgesloten waarin de relatie (financieel, operationeel en facilitair) is geregeld. Tevens wordt in de statuten de taak van de erfgoedstichting en de nauwe relatie met NLR beschreven. Zo bekrachtigt NLR de benoeming van bestuursleden van de stichting en is er een NLR-medewerker lid van het erfgoedbestuur.

Tot 1 januari 2015 was er een inpandig bedrijfsmuseum als een bijzondere faciliteit van het NLR met een oppervlak van ca. 500 m² bestemd voor iedereen, die geïnteresseerd is in de (technische) historie van de Nederlandse lucht- en ruimtevaart. Momenteel is er geen eigen bedrijfsmuseum; erfgoedstukken worden op diverse locaties binnen NLR getoond en voor een gedeelte in bruikleen gegeven aan andere musea en erfgoedorganisaties, passend bij hun thema's en exposities.

In 2025 is de Museumovereenkomst tussen NLR en SBEN omgezet in de Erfgoedovereenkomst. Daarmee hebben beide partijen opnieuw vastgelegd dat zij lucht- en ruimtevaarterfgoed beheren en toegankelijk maken. Met de nieuwe overeenkomst is de relatie ook naar de toekomst toe bestendigd en versterkt.